يعتبر نادي الاهلي بالخرطوم من اعرق اندية ولاية الخرطوم وله تاريخ مشرف في كرة القدم حيث قدم افذاذا من اللاعبين للكرة السودانية منهم عوض الحاج وعباس ركس والحارس الاسطورة محمود صالح.
كان الفريق من فرق الدرجة الاولي القوية بالخرطوم التي تقف حجر عثرة للهلال والمريخ. وشارك الفريق في الدوري الممتاز منذ انطلاقته الاولي وحصد في موسمه الاول5 (1997/1996) سبعة وعشرين نقطة وحل سابعا من اصل اثنا عشر فريقا. وفي موسم 1998 حل ثالثا للترتيب ب47 نقطة ونال شرف التمثيل الخارجي في بطولة كأس الاتحاد الافريقي ونجح في تخطي الدور الاول بالفوز علي التأمينات الاثيوبي ايابا وذهابا بهدف وخسر في الدور الثاني من اتحاد العاصمة الجزائري بخمسة اهداف ايابا وذهابا. وفي الموسم التالي حافظ علي المركز الثالث في الممتاز وبقي بالممتاز حتي موسم 2002 /2003 حيث احتل المركز الاخير وهبط الي الدرجة الاولي بولاية الخرطوم ولم يستطع الفريق العودة للممتاز الا بعد ستة اعوام كاملة في موسم 2009.
وبالعودة لمشاركة الأهلي الخرطومي في الممتاز نجد أنه شارك لسبعة مواسم وأولى مشاركاته كانت في موسم 96- 97م النسخة الثانية للبطولة وصعد الأهلي للمشاركة في الدرجة الممتازة بعد ارتفاع عدد أندية البطولة من (10) إلى (12) فرقاً.. حيث طبق في الموسم نظام هبوط آخر فريقين لتتأهل بدلاً عنهما أربعة فرق كان من بينها الأهلي الخرطومي بجانبه فرق الخرطوم3 والميرغني كسلا ومريخ الأبيض.
يتولي تدريب الفريق حاليا الكابتن محمد عبدالله مازدا مدرب المنتخب الوطني. من نجوم الفريق الحاليين هدافه سفيان والمدافع االمالي ديالو والصاعد دقاشية.
شعار الفريق الاحمر والابيض