تاسس النادي في حوالي عام 1928 وهو يعتبر من اقدم الاندية السودانية تم تأسيس نادي الميرغني كسلا في عشرينات القرن العشرين وظهر معه نادي التاكا والشباب .. الاندية الثلاث السابقة هي اقدم الاندية الكسلاوية تعاقب عليه مجموعة من الرؤساء المميزين منهم علي سبيل المثال عقد شرطة ـ م ـ الزين جماع من اهالي منطقة الجيلي، الدكتور احمد الميرغني ـ المرحوم علي يونس، عميد ـ م ـ بركات، المرحوم بابكر احمد جعفر، عمدة مدينة كسلا وهو الرجل العلم وهو يعتبر حكمة تمشي علي رجلين.
علي ابراهيم يونس الرئيس الحالي بالتعيين ترأس النادي علي فترات وقدم وما بخل للنادي فهو الرجل المتيم والعاشق للنادي، اللواء الركن يونس محمود والذي في عهده شهد النادي ثورة المنشات من منطقة الرماش مما يؤكد قومية النادي.
تعاقب علي النادي في التدريب مجموعة من المدربين ياتي علي راسهم الاغريقي استابرو عامر الكوباني، المرحوم محمد حاج عثمان، السر حاج عثمان، المرحوم ادريس محمود مقرر والموجه التربوي محمود خالد ضبة والذي شهد النادي في عهده في ثمانينات القرن الماضي تطورا كبيرا واصبح الفريق قوة ضاربة بفكره التدريبي المتقدم ولا ننسي المدربين الذين تولوا المهمة بعد الدوري الممتاز وهم محمد حسن نقد، بكري عبد الجليل، صلاح مشكلة، الدكتور مدثر عبد الرحمن، خالد الزومة، محمد محي الدين الديبة، جعفر كتة، مبارك سلمان.
يرجع الفضل في اختيار هذه الكوكبة من المدربين للداعم والمحب للفريق صديق ود الجبل .
تميز الفريق بالكرة الشاملة والقصيرة وتسجيله للاعبين ذوي المهارات العالية حتي اصبح معروفا بالانيق.
الميرغني يعتبر من الاندية المحبوبة في جميع انحاء السودان ويجد التقدير والاحترام اينما حل وعلي مختلف العهود امتاز بالعلاقات الممتازة مع الاندية كافة والاتحادات.
تخرج من مدرسة الميرغني مجموعة مميزة من اللاعبين كانت لهم بصماتهم في خارطة الكرة السودانية ياتي علي راسهم مصطفي شاويش، عصام سر الختم، مجدي محمد مرجان، احمد النور، مجاهد احمد محمد، عمار رمضان، صالح بهجة، مهند الطاهر هذه المجموعة ارتدت شعار الهلال .
بالمريخ المرحوم نزار احمد الخليفة، خالد الزومة، ايمن الكاس.
ولعب للميرغني لاعبون كثر مميزون لعبوا للاندية الاخري بالسودان منهم النور بلال، عباس عبد الرحمن، عاطف الامريكي، عادل العمدة، عبد الله مزمل، عباس خواجة، واللاعب الفلتة هاشم كجر.
في السنوات الاخيرة لعب للفريق مجموعة لا علاقة لها وتاريخ وشعار النادي وليس لها طموح الرغبة في التقدم .
مقدم (ش) علاء الدينع طا المنان
في 14 نوفمبر 2008ستطاع فريق الميرغنى (الأنيق) أن يحقق حلم جماهيره وجماهير الرياضة بكسلا ويعود إلى الدورى الممتاز بعد أن هزم الأهلى عطبرة 2/0 محققاً 10 نقاط نالها بهزيمة الشمالى عطبرة 1- صفر بعطبرة ثم تعادله مع التاكا كسلا فى الديربى ثم الفوز على الأهلى شندى 1- صفر والأهلى عطبرة 2- صفر بكسلا.